3月16日，河南農(nóng)業(yè)大學康相濤教授團隊基于前期雞泛基因組研究成果與公共數(shù)據(jù)，開發(fā)了適用于我國地方雞基因組系列液相芯片——“神農(nóng)1號”。該系列芯片的成功研發(fā)，搭建了用于地方雞種質資源鑒定、精準評價、保護與開發(fā)利用的高效技術平臺，對我國家禽種業(yè)振興與可持續(xù)發(fā)展具有重要的意義。

58個地方雞品種地理分布

該系列芯片采用模塊組合的設計思路：模塊I是利用66.5M泛基因組序列，設計5K標記；模塊II是整合生長、繁殖、屠體等性狀GWAS的功能位點，設計5K標記；模塊III是整合我國58個地方雞種中高頻SNP位點，設計30K標記；模塊IV是整合生長、羽色等性狀的原因InDel、SV、PAV突變位點。集成上述模塊，創(chuàng)制了40K、5K地方雞基因組系列芯片——“神農(nóng)1號”。

“神農(nóng)1號”40K地方雞基因組芯片位點分布

“神農(nóng)1號”地方雞基因組液相芯片試劑盒

河南農(nóng)業(yè)大學家禽團隊是教育部、農(nóng)業(yè)部科研創(chuàng)新團隊?，F(xiàn)有16名骨干成員，其中教授9人、副教授3人。團隊帶頭人康相濤教授先后榮獲全國先進工作者、中華農(nóng)業(yè)英才獎和首屆國際種業(yè)科學家獎等。團隊長期圍繞地方雞種質資源保護和利用開展研究，先后主持承擔國家“863”計劃、國家自然科學基金、神農(nóng)種業(yè)實驗室“一流課題”項目等國家和省部級科研項目；主持培育國審新品種2個，完成的《中國地方雞種質資源優(yōu)異性狀發(fā)掘創(chuàng)新與應用》獲國家技術發(fā)明獎二等獎、《地方雞保護利用技術體系創(chuàng)建與應用》獲國家科學技術進步獎二等獎，授權國家發(fā)明專利46項，制定國家和地方標準10項，發(fā)表中英文論文500余篇。

上述研究成果的取得主要依托于神農(nóng)種業(yè)實驗室、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部畜禽資源（家禽）評價利用重點實驗室、河南省雞種質資源創(chuàng)新與利用重點實驗室、河南省家禽育種國際聯(lián)合實驗室和河南省家禽種質資源創(chuàng)新工程研究中心等省部級研究平臺，以及保存了29個特色資源、設施設備一流的河南農(nóng)業(yè)大學家禽種質資源場。

參考文獻

1．Wang K, Hu H, Tian Y, Li J, Scheben A, Zhang C, Li Y, Wu J, Yang L, Fan X, Sun G, Li D, Zhang Y, Han R, Jiang R, Huang H, Yan F, Wang Y, Li Z, Li G, Liu X, Li W, Edwards D, Kang X. The Chicken Pan-Genome Reveals Gene Content Variation and a Promoter Region Deletion in IGF2BP1 Affecting Body Size. Mol Biol Evol. 2021, 38(11):5066-5081.

2．https://omia.org/home/

3．Wang M, Thakur Mukesh, Peng M et al, 863 genomes reveal the origin and domestication of chicken. Cell Research, 2020, 30:693–701.

4．https://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/GG/index.